Le milieu souterrain est un milieu sensible, tributaire de l'état sanitaire des points d'infiltration des eaux en surface.
Les eaux qui pénètrent dans une perte ne sont en aucun cas filtrées par le sol. En Gironde comme ailleurs, de nombreuses dolines ont servi ou servent encore de dépôts d'ordures qui engendrent des pollutions chimiques (hydrocarbures, pesticides, métaux...) et bactériologiques (cadavres d'animaux) : dans nos milieux karstiques, les eaux sont donc de mauvaise qualité.
Le CDS33 est un acteur essentiel dans l'étude et la préservation des eaux souterraines. Il dispose de l'agrément préfectoral pour la protection de l'environnement et réalise ou participe à des études telles que des traçages des eaux souterraines (avec le SMABVO, le SIETRA...), le projet Stygofaune coordonné par la SEPANSO, un projet de circuit d'interprétation du paysage (avec le Département de la Gironde), des stages de biospéléologie, les différentes actions fédérales régionales ou interrégionales...
